Trần Văn Huy có sáu người con trai, 2 người con gái:[1]

• Con trai cả là Trần Cẩn (hay Trần Cận, Lại bộ Thượng thư thời Lê)
• Con trai thứ hai là Trần Du. Trần Du tên thật là Trần Nguyên Trạch (sau đổi làm Đặng Công Du), từng đỗ giải nguyên; hậu duệ của ông (không rõ con hay cháu nội) là Đặng Công Toản (1487 - 1547), khoảng năm 1510 cùng cha dời đến Yên Quyết Thượng, năm 1520 đỗ tiến sĩ thời Lê Chiêu Tông, sau làm làm đến Hình bộ Tả Thị lang, phong tước An Xuyên Bá dưới triều Mạc.
• Con trai thứ ba là Trần Lâm
• Các con trai Trần Thiếp, Trần Bình, Trần Nguyên
• Con gái lớn là Tùng (Hoàng hậu Trần Thị Tùng người làng Nhân Mục Môn, là vợ Uy Mục đế năm 1506, mất tháng 1 năm 1510 khi mới hơn 20 tuổi nên không thể là con của Trần Văn Huy được)
• Con gái nhỏ là Trúc

Trần Văn Huy còn là ông tổ 4 đời của Trần Tuân. Trần Tuân là cháu nội của Trần Cẩn, khởi nghĩa chống Lê thất bại. Vì thế dòng họ Trần chạy trốn, đổi thành họ Đặng Trần. Chi của Trần Lâm là tổ của Đặng Chính Pháp, ông tổ họ Đặng của làng Hành Thiện, Nam Định[3].